生物修復在治理重金屬污染方面有很多優(yōu)點，但因生物自身的特性，仍有一定的局限性：
（1）生物對各種重金屬都有一定的耐受范圍，當受重金屬污染的環(huán)境中其污染程度超過用于修復的生物的耐受極限時，該生物的新陳代謝活動將不能正常進行，因此將影響生物修復的效果；
（2）用于修復的生物可能與當?shù)赝林锎嬖诜N間競爭，因為缺乏實踐經(jīng)驗，使得生物修復效果可能沒有理論效果好；
（3）生物修復中，生物極易受外部環(huán)境影響，酸堿度、溫度以及其他環(huán)境因素等都會制約生物修復的效率；
（4）生物修復技術專一性較強，而環(huán)境污染一般是受多種重金屬及其他污染物的復合污染。
目前，對于生物修復技術的研究，我國起步較晚，現(xiàn)在主要集中于植物和微生物修復2個方面。為了提高該技術的修復效率，使得生物修復具有更優(yōu)的可行性和高效性，通過分析重金屬污染土壤的生物修復技術存在的問題，提出未來發(fā)展方向：
（1）深化基礎理論，加強生物修復機理的研究。
（2）建立統(tǒng)一的修復后續(xù)處理系統(tǒng)裝置或完善方法。生物修復技術的后續(xù)處理及土壤污染中的重金屬回收處理方式有很大的研究價值。
（3）結合先進的技術，如基因工程、現(xiàn)代分子生物學、轉基因技術等，充分利用各修復技術的優(yōu)勢。
（4）植物、動物、微生物聯(lián)合修復。三者相互作用，修復受損的土壤生態(tài)系統(tǒng)，最終達到高效、完善的修復效果。
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